İlk sivil şûra birçok değişikliğe sahne oldu.

Şura toplantısı birçok değişikliğe sahne oldu. Değişiklik öncesi şura üyeleri Başbakan, Genelkurmay Başkanı, Milli Savunma Bakanı, Kuvvet Komutanları, Jandarma Genel Komutanı, Ordu Komutanları ve Donanma Komutanının da bulunduğu orgeneral ve oramirallerden oluşuyordu. Genelkurmay Başkanlığının “Çakmak Salonu”nda yapılan toplantıda, “U” şeklindeki masanın başında Başbakan ve Genelkurmay Başkanı bulunuyordu.
Oturma düzenindeki ilk değişikliğe 2011 yılının Ağustos ayında gerçekleştirilen şura toplantısında gidildi. O dönem Başbakan olan Cumhurbaşkanı Erdoğan, masanın başında tek başına otururken, sağ tarafında Genelkurmay Başkanvekili ve Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Necdet Özel, dönemin Milli Savunma Bakanı İsmet Yılmaz yer aldı. YAŞ üyelerinde değişiklik Yüksek Askeri Şura’nın yapısındaki en büyük değişiklik ise FETÖ’nün 15 Temmuz darbe girişiminin ardından yaşandı. Düzenlemeyle başbakan yardımcılarının yanı sıra adalet, dış ve içişleri bakanları da toplantılara katılmaya başladı, ordu ve donanma komutanlarının ise şura üyelikleri kaldırıldı. Böylelikle başbakan başkanlığında toplanan 10 sivil 4 askeri üyeli şuranın yapısı, Başbakan, Genelkurmay Başkanı, Başbakan Yardımcıları, Adalet Bakanı, Dışişleri Bakanı, İçişleri Bakanı, Milli Savunma Bakanı ve Kuvvet Komutanları olarak yeniden belirlendi. Şura toplantılarının ağustos ayında yapılması zorunluluğu kaldırıldı. Bunun yerine toplantının başbakanın çağrısıyla ihtiyaç duyulan zamanlarda yapılması kararlaştırıldı. Değişiklikle ayrıca daha önce Genelkurmay Başkanlığınca yürütülen şuranın sekretarya hizmetlerini yürütme görevi Milli Savunma Bakanlığına devredildi. Önceden kuvvet komutanlığı yapma şartı bulunan Genelkurmay Başkanlığı için ise orgeneral rütbesinde bulunmak yeterli sayıldı. Daha önce Genelkurmay Başkanlığındaki “Çakmak Salonu”nda yapılan “çok gizli” nitelikli şura toplantısı, Genelkurmay Karargahı dışına üçüncü kez taşınmış oldu. Çankaya Köşkü’ndeki ilk şura toplantısı, FETÖ’nün 15 Temmuz darbe girişimi sonrasında Başbakan Binali Yıldırım başkanlığında 28 Temmuz 2016’da gerçekleştirilmişti. Yıldırım başkanlığında Çankaya Köşkü’ndeki ikinci şura toplantısı ise 23 Ağustos 2016’da yapılmıştı.